全国に会員のいる全国組織の団体の場合、複数の県に事務所を持って所轄庁を内閣府にした方がよいのでしょうか。
全国に会員がいる全国的な活動をしているNPO法人であっても、事務所はひとつだけで、都道府県を所轄庁としている法人もたくさんあります。もちろん、全国的な組織で、複数の都道府県に事務所を置いている法人もあり、この場合の法人の所轄庁は内閣府です。
所轄庁のことを考えて事務所を開く、というよりは、活動をしている中で複数の都道府県に事務所を置くこととなって、その結果、所轄庁が内閣府となったとか、全国的な活動だけれど、事務所は1カ所で足りるので、都道府県が所轄庁となった、などという法人がほとんどでしょう。事務所を、1カ所にするか、複数の都道府県に置くかは、その団体の活動内容によって、またその団体がどういう考え方で運営しているかで変わってくると思うので、どちらが良いかは第三者には判断しかねます。
ただ、事務所を複数の自治体におくと、それだけ地方税がかかりますし、登記の手間もあります。こうしたコストと手間も考える必要があると思います。
その団体の活動内容、運営の方法などで、事務所を一カ所にするか否かは決まります。こうしたことを検討した結果、事務所を一カ所とすることになったとしたら、全国的な活動でも都道府県が所轄庁となっても不都合はありません。