原則として、NPO法人の所轄庁は、その事務所が所在する都道府県の知事であり（第9条第1項）、例外的に、二つ以上の都道府県の区域内に事務所を設置するNPO法人の所轄庁は、内閣総理大臣とされています（同条第2項）。
なお、この所轄庁の決定については、上記のように事務所の所在地のみで判断されることになっていて、そのNPO法人の活動区域が他の都道府県または海外にまで及んでも所轄庁の決定とは関係ありません。
また、所轄庁の認証について、都道府県の知事の認証よりも内閣総理大臣の認証の方が格が上とお考えの方もいらっしゃるようですが、それは間違えです。
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