使用人兼務役員となるかどうかによってどのような扱いの違いがあるのでしょうか。
役員報酬についてはNPO法上と法人税法上は分けて考えて下さい。NPO法では、理事長、副理事長に関しても他の職員と同等の職務内容に同一の基準で支給する給与は役員報酬ではありません。しかし、法人税法上は理事長、副理事長など平理事ではない理事や、平理事であっても代表権をもっている理事は使用人兼務役員とはならず、支払われる給料は名目、実態に関らず全額役員給与となります。使用人兼務役員となれば他の職員と同時期に同額を支払う場合には損金になりますが、使用人兼務役員とならなければ、賞与は定期同額要件を満たしませんので、事前届出をしない限りは損金となりません。
<参考> 国税庁 タックスアンサー 役員のうち使用人兼務役員になれない人
http://www.nta.go.jp/taxanswer/hojin/5205.htm
(脇坂)