職員と同じ仕事をしていても、代表理事に対する報酬は「役員報酬」としなければいけないのでしょうか。
そのようなことはありません。理事長と言えども職員として働き、他の職員と同等の条件で給料を受ける場合は役員報酬ではありません。
NPO法では、報酬を受ける役員は役員総数の１／３以内でなければいけないという規定（ＮＰＯ法第2条第2項1号）がありますが、この場合の「役員報酬」はあくまで役員としての地位や職務に与えられる報酬のことですので、役員であっても、職員として他の職員と同じ基準で支給されるものや、役員に交通費相当額を支払う日当などは「役員報酬」ではありません。
理事長であれば無条件に役員報酬とみなされるのは法人税法の方です。法人税法では、理事長に対する報酬は、名目、実態に関らず役員給与とされ、毎月定額（定期定額）を支給している場合及び事前に給与を税務署に届け出ている場合のみ法人税の計算上損金（経費）となります。
＜参考＞ 国税庁 タックスアンサー 役員に対する給与
http://www.nta.go.jp/taxanswer/hojin/5206.htm
（脇坂）
