このような場合は、通常の事務サイクルで想定されるものではないので、特にそのための書式というようなものはありません。そもそも最初から申告する必要がなかったわけですから。まずは税務署の法人税担当に相談してみて下さい。場合によっては嘆願書等を出すことになるかもしれません。
全く同様のケースで２年分の申告書の取り下げが認められた事例があります。この事例は赤字で法人税は納めていなかったのですが、住民税均等割はさかのぼって還付を受けられました。
（脇坂）
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