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　指定管理者制度は地方自治法の解釈ではでは「委託」でも「請負」でもないとされ、自治体の条例でもその辺は地方自治法と同じです。結局、協定書でどのように規定されているかによることになると思われます。

　協定書は通常、「委託料を支払う」という表現があったり、付属の仕様書が「管理運営業務委託仕様書」とされており、このような協定であれば、法人税法上は「請負業」と解釈されてもやむを得ないのではないかと思われます。

　なお、協定書に実費精算の規定があって、そのことについて税務署長の確認を受けた場合は、収益事業には該当しません（法人税基本通達　15-1-34）。

　ご質問にはありませんが消費税法上も課税売上として扱われます。

（脇坂）