有給職員がいたら、職員の所得税や地方税をNPO法人が徴収するのですか?
その通りです。なお、これまで有給の職員がいなかったNPO法人が、新たに有給職員を置くことになった場合は、所轄の税務署へ「給与支払事務所等の開設届」を提出しなければなりません。
所得税を給与から差し引くことを源泉徴収と言いますが、源泉徴収には甲欄適用者と乙欄適用者の区別があります。甲欄というのは、主たる給与をその事業所から得ている人のことです。毎年「扶養控除申告書」という書類を本人に書いてもらいます。
他から主たる給与を受ける人や「扶養控除申告書」を提出しなかった人は、乙欄になります。
地方税(住民税)は、源泉徴収ではなく特別徴収と言います。所得税と違って、主たる給与でなければ徴収する必要はありません。