差額分を賞与として支給することは構いません。ただし、所得税法上は、計算根拠が何月分の差額であっても実際に支給した年の所得となります。つまり２月の総会後に支給するものは全額来年の給与所得になるということです。
また、理事長に支給してもいいのですが、もし法人税の申告の際に理事長の給与も経費（損金）に含めているのであれば、賞与として支給した分は定期同額要件を満たしませんので、事前届出をしていない限り損金として認められませんのでご注意下さい。
＜参考＞国税庁タックスアンサー 役員に対する給与
http://www.nta.go.jp/taxanswer/hojin/5206.htm
（脇坂）
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