消費税は、基準期間の課税売上高（消費税が課税される収入）が1,000万円を超えている場合に支払う必要があります。基準期間とは、前々事業年度のことです。従って、ＮＰＯ法人の場合には、1期目と2期目は基準期間がありませんので、課税事業者を選択しない限りは消費税の免税事業者となります。3期目は、1期目の課税売上高により消費税が課税されるかどうかを判定することになります。この場合、1期目が12ヵ月に満たない場合は年額に換算して1,000万円を越えているかどうかを判定します。なお、免税事業者であっても、消費税を請求することは問題ありません。
＜参考＞
国税庁 タックスアンサー 基準期間がない法人の納税義務の特例
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shohi/6503.htm
（脇坂）
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