法人税は「所得（黒字）」に対して課税されるもので、赤字であれば税額はゼロです。またそれ以前に、団体の意思で、団体の本来目的のために採算を度外視し、最初から収益を目的としていない場合は、税法上もそもそも「収益事業」には該当しないと考えられます。収益事業に該当する場合は赤字でも（税額がなくても）申告書の提出は必要ですが、収益事業に該当しなければ申告書の提出も不要です。
赤字でも課税されるのは、法人税ではなくて法人住民税の均等割のことです。ほとんどの自治体は、NPO法人に関しては均等割を免除していますが、ごく一部を除いては法人税法上の収益事業を行っていないことを免除の条件としています。
（赤塚）
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