【１】２０１２年４月から大幅改正で新制度に。
１．認定機関が国税庁から所轄庁（都道府県・政令市）に移管されました。
認定機関が国税庁から所轄庁（都道府県・政令市）に変更されました。以前は、相談や申請を国税局が担当していたため、心理的なハードルもありましたが、現在は認証窓口と同じです。また、認定NPO法人制度の根拠法が、租税特別措置法から、NPO法に変わったため、税務業務ではなくなり、NPO支援センター等でも相談しやすくなりました。
２．事業型NPOも取得しやすくなりました。
これまで認定取得の最大の難関だったパブリック・サポート・テスト（PST）に、新たな選択肢が2つ加わり、相対値基準・絶対値基準・条例個別指定基準の3つから、自分たちに適したものを選べるようになりました。また、建物の建設や土地の買取等を目的とした、特定されている資産は、特定非営利活動に関する事業費用としてカウントできることとなり、事業支出の基準をクリアしやすくなりました。
３．画期的な「仮認定」の制度もスタートしました。
PSTがクリアできなくても、他の基準を満たせば、利用できる「仮認定制度」がスタートしました。寄付金収入が小さくても、優遇税制を活用して寄付を集め、段階的に認定NPO法人にステップアップすることが可能です。
４．事後チェック体制が強化されました。
仮認定制度の導入等により、認定NPOへの間口が広がる一方、事後チェックの体制は強化されています。寄付者を水増ししたり、虚偽の記載をする等の不正に認定を取得した場合は、6か月以下の懲役が科せられる等罰則が強化された他、「立入検査→勧告→改善命令→認定取消」といった段階的な監督規定が導入されました。
