一般的に言って、内閣府を所轄庁として方が、社会的な信用が厚い等のメリットがあるのでしょうか。
内閣府が所轄庁だと、都道府県を所轄庁とするより社会的信用が厚くなる、などというのは、制度の無理解からくる誤解です。所轄庁が内閣府だという法人は、たまたま複数の事務所を有し、それらが複数の都道府県にあったというだけのことで、それ以上のことは何もありません。
NPO法人への認証というのは、いわゆる役所からの「お墨付き」ではありません。法律に沿って、書類を揃えて、それらが法に適合するのであれば、所轄庁は認証することになっているからです。
最近、「内閣総理大臣認証のNPO法人です」とか、「○○県からの認証を受けています」と大きくチラシに刷り込んで配布したり、これをことさらに大きくうたって雑誌広告を出している法人などもありますが、これは、総理大臣や○○県知事が信用のおける法人として「お墨付き」を与えた、という意味ではありませんので、ご注意ください。