収益事業を行っておらず、給与の支払もしていない場合に、所轄庁や法務局以外に書類をどこかに提出する必要があるのでしょうか。
収益事業がなく給与も発生しないのであれば、税務署への届出は必要ありません。しかし、都道府県税事務所と市町村の法人住民税窓口への届出は必要です。住民税均等割のことがあるからです。
ほとんどの都道府県や市町村は収益事業を行わないNPO法人について住民税均等割の減免を行っていますが、これは自動的に適用されるものではなく、基本的に毎年、申請しなければなりません。申請の時期は毎年4月です。
<参考>
東京都主税局 法人都民税均等割の免除についてのご案内
http://www.tax.metro.tokyo.jp/kazei/info/npo.pdf
(脇坂)
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収益事業がなく給与も発生しないのであれば、税務署への届出は必要ありません。しかし、都道府県税事務所と市町村の法人住民税窓口への届出は必要です。住民税均等割のことがあるからです。