報酬が源泉税の対象になるのかどうか、
http://www.nta.go.jp/category/pamph/gensen/1913/05/01.htmに詳しく出ています。限定列挙なので、ここに出ていなかったら、源泉徴収の必要はないということです。
> このたび、当法人で委託業務を受注し、当法人の副理事長を指導士として派遣しました。
> 副理事長個人に、指導料を当法人より支払います。
> この際、10%の源泉徴収をしてよいのでしょうか。
> 又、指導料の額は関係なく一律10%の源泉徴収をするのでしょうか。
> もう一点、勘定科目は指導料でよいのでしょうか。
勘定科目は見る人が理解できれば特に決まりはないので、指導料でわかりやすければそれで良いと思います。複数の事業をやっていれば、「○○事業費」という科目の内訳科目として指導料と入れたほうがわかりやすい感じがします。