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お世話になっております。
理事や講師にお支払いする交通費の支給額上限を決めた場合、
実際の交通費が5万円かかったのに、
支給額の上限を決めて（例えば2万円）お支払いすると、
「交通費等精算書」に積算した交通費実費を記載する欄以外に、
支給額という欄を作って2万円と記入しておき、
それを含めて本人のサインをもらえばよろしいでしょうか？

その場合、所得税を納める義務が発生したりしますでしょうか？

bamさん、こんにちは。

> 理事や講師にお支払いする交通費の支給額上限を決めた場合、
> 実際の交通費が5万円かかったのに、
> 支給額の上限を決めて（例えば2万円）お支払いすると、
> 「交通費等精算書」に積算した交通費実費を記載する欄以外に、
> 支給額という欄を作って2万円と記入しておき、
> それを含めて本人のサインをもらえばよろしいでしょうか？
>
> その場合、所得税を納める義務が発生したりしますでしょうか？

講師に関しては、実費分の旅費は源泉徴収をしなくてもいいというのは間違いでした。
NPO法人が交通機関に直接支払い、かつその金額が通常必要であると認められる範囲内のときに限って源泉徴収をしなくてもいい（所得税基本通達204-4）ということなので、上記の場合には、講師に関しては源泉徴収の対象になりますね。
だからといって、NPO法人があらかじめ切符を買っておかなくてはならないということではなく、源泉徴収をするかしないか、という問題について言えば、あらかじめ購入しておかないと、旅費部分の支払でも、源泉徴収しなくてはいけないということです。
もちろん、NPO法人の内部管理上の問題として、実費精算をするのであれば旅費精算書のようなものが必要でしょうし、実費精算でなければ、なんらかのルールを決めておく必要があると思います。
なお、理事に関しては、給与所得の中に旅費の非課税規定がありますので、旅行の目的や職務内容等から見て通常必要であると認められるものは非課税ということになっています。これは、個人事業者なら旅費は必要経費にできるが、給与所得者はできないからでしょう。

脇坂先生、大変ご丁寧な回答をお寄せいただき、誠にありがとうございました。
航空チケットは手配できても、バスや地下鉄などの料金をあらかじめ調達して講師に渡すことは、現実的に難しいと思いました。
謝礼はともかく、実際にかかった交通費や宿泊費は、なるべく源泉徴収をしない形でお渡しできたらと思いましたが、源泉徴収されるのであれば、「謝礼」に交通費や宿泊費額を含めてお渡ししても、
「謝礼」と別に交通費や実費をお渡ししても、源泉徴収額は変わらないと理解いたしました。
今後とも、何とぞよろしくお願い申し上げます。