ganoさん、こんにちは
> 損金への算入ができなくなることを防ぐ目的で、
> 理事長に対しては、あらかじめ他の理事や職員と同様の
> 基準で賞与の金額を計算しておき、その金額を12で割り
> 1ヶ月換算をして役員報酬として通常の給与(他の従業員と同様に
> 労務の対価として支払っているため、役員報酬ではありません)
> にプラスしてこの役員報酬部分に関してのみ所轄庁に報告して
> 毎月支払っていくという方法は税務上可能でしょうか。
> (賞与支給時には理事長のみ支給無しとなりますが)
それでも可能ですが、18年度の税制改正で事前確定届出給与の損金算入制度ができました。簡単に言えば、役員であっても、事前に(職務執行開始日か事業年度開始から3月かいずれか早い日)賞与をいくら支払うのかを税務署に届出をし、その金額を支払えば、賞与として支払っても損金に算入できるというものです。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/5206.htmの2にでています。それ以外にも検索すればいっぱい説明が出てくると思います。
事前届出をしなくても、定期同額給与であれば損金算入できますので、おっしゃるようなやり方でも税法上損金算入はできます。