NPO法人化することで、特に何か変わるわけではなく、NPO法人に通常要求されるいろんな手続をすることになります。そうではなく、このような障害者の就労支援事業を行う場合、障害者自立支援法という法律に従って、行政から給付を受けることができます。その給付を受けようとすれば、就労移行施設とか、就労継続施設A型とか、就労継続施設B型とか、いろんな類型があって、それには様々な規制があります。詳しくは厚生労働省の下記ページをご参照下さい。
http://www.mhlw.go.jp/bunya/shougaihoken/index.html結論的に言うと、給付を受けようと思えば障害者自立支援法という法律にしたがって様々な規制を受けるが、それを受けないのであれば、一般のNPO法人と特に変わりはないということです。
雇用関係ですが、障害者自立支援法では施設の類型によって取扱は異なっています。