NPOWEB

お世話になります。
NPO法人の場合、収益が一千万以下の場合、
消費税の申告は必要ないとお聞きしましたが
すでに仕事を請け負うときに消費税はもらってますよね。
この預かっている消費税はどう取り扱ったらいいんでしょうか。
次の事業に流用してもいいでしょうか。
それとも見積りの段階で消費税は記入せずに
見積書を出すべきなんでしょうか。

NPO法人の場合、収益が一千万以下の場合、
消費税の申告は必要ないとお聞きしましたが

正確に言うと、基準期間の課税売上（＝消費税が課税される収入）が1000万円以下である場合には消費税の申告が必要ないということです。基準期間とは基本的には前々事業年度のことです。

すでに仕事を請け負うときに消費税はもらってますよね。
この預かっている消費税はどう取り扱ったらいいんでしょうか。
次の事業に流用してもいいでしょうか。
それとも見積りの段階で消費税は記入せずに
見積書を出すべきなんでしょうか。

次の事業に流用してかまいません（このようなものを「益税」といいます）
消費税を支払っていないのだから見積段階で消費税を記入しなくてもいいのではないかと思われるかもしれませんが、免税事業者（消費税を支払わなくてもいい事業者）だとしても、消費税分を請求することは問題ありません。
理由は
1.支払う側の立場に立てば、相手が免税事業者であろうと課税事業者（消費税の支払義務がある事業者）であろうと、かわりはないわけで、消費税分を支払うことで支払側が不利になることはありません
2.受取る側の立場に立てば、自分がいろいろなものに支払う経費には消費税は支払っているわけですから、受取る分について消費税をもらっても、実際に益税になっている分は、（受取に係る消費税ー支払に係る消費税）分だけになります。消費税を取らないと、支払に係る消費税分だけ損をすることになります（将来税率がアップしたときのことを考えればわかります）
3.将来、消費税が課税されるようになった場合に、そのために値上げをするというのもしずらい感じがします。

脇坂様

ご丁寧な説明をありがとうございました。
良く分かりました。