法人税法施行令５-２-１は人格のない社団には適用がないので無理と言われました。
確かに条文通りに読めば（あまりに杓子定規ですが）、この５-２-１（障害者が半数以上従事している場合の非課税）は、人格のない社団には適用がありません。そしてＮＰＯ法人の場合、この規定により非課税とする税務署があることも私の所属しているＮＰＯ会計税務専門家ネットワークからの情報もあります。
しかしそれならば自立支援法以前の就労支援をしている作業所の生産（授産）活動はすべて課税であり、自立支援法適用以後の授産活動はすべて非課税（自立支援法では法人格が前提）となる矛盾があります。
小規模作業所の授産活動は以前から行われており、これに課税されている実態を私は知りません。全国的に大問題になるでしょう。また法人化した途端収益事業ではなくなるというのも不思議な話です。
そもそも収益事業ではないとする考え方の根拠となる法律があればよいのでしょうが、わかりません。障害者自立支援法などの法人税法以外の法律で収益事業ではない（営利目的ではない）とすることを示している条文はないでしょうか？
どうぞよろしくお願いします。
補助金交付要綱とか、労働基準法とかに、作業収入は直接経費を控除した残額は、すべて工賃として利用者に還元しなければならない、つまり剰余は残してはいけないとする規定があるはずです。前者については、該当の行政に聞いてみて下さい。後者については、古いですが１９５１年に「授産事業に対する労働基準法の適用除外について」という通達（現在見直されているようですが）に、「四 授産事業にあつては、一般企業と全く異り利潤ともいうべき営利性は全然なく、職員の棒給手当て、固定資産の銷却費等は経営主体の負担か或は国庫または共同募金等により経理され、事業収益は工賃として総て作業員に全額支払われていること。」という内容があり、現在まですべてこの考え方で行われています。
今回の自立支援法でも、雇用型のような最低賃金を上回るような場合は「賃金」、そうでない場合は「工賃」と、名称を使い分けています。
これを示しても税務署側は納得しないかも知れません。その場合は、委託などの場合で利益が生じないことが明かな場合は、５年に一度事前確認する実費弁償の申請という手段がありますので、今度はその申請をするという別の言い方をして下さい。この手続も少しややこしいですが、そうこうしている内に法人化してしまえば、先に戻って５-２-１で非課税と言うことになり、何をしているかわからない話になります。
