NPO法人の監事が公認会計士であった場
合にNPO法に基づく監事の監査は公認会計士法での「監査
業務」にはあたらないといえるでしょうか。
NPOの監事の監査はNPO法上の監査であって、公認会計士の監査には該当しません。あくまで法人の機関である監事という立場の監査になります。
ただ下記の3つの業務はそれぞれ独立したものであり、同じ人間が行うことはできません。
1.公認会計士監査(いわゆる外部監査)
2.監事監査(NPO法上の監査)
3.税務業務などの非監査業務
1と3の併給禁止はおっしゃる通り公認会計士法による制限ですが、2と3の供給禁止は公認会計士法ではなく、監事という機関の性格からのNPO法(あるいは民法など法律の趣旨)で禁止されているのです。また1と2も会社法などの規定を参照すれば、別のものと位置づけられており、同一人物が行うことは予定されていません。
つまり公認会計士がNPOに関わる場合は、上記3つのどれかであって、2つ以上は行えません。