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千葉県のＮＰＯです。

役員の任期を、定款見本通りに「役員の任期は２年とする。（中略）前項の規定にかかわらず、後任の役員が選任されていない場合には、任期の末日後最初の総会が終結するまでその任期を伸長する」としています。

ここでいう２年は年度末（３月末）を想定してこのような表記にしています。今年３月に年度末を迎え、６月初旬に総会を行い、新役員を選出しました。ところが法務局で役員登記をしようとしたところ、前回（２年前）の役員就任がその年の総会の日（６月１８日）であるので、「任期２年」の規定により、
①現職の役員全員が任期途中で辞任する辞任届けを提出する。
②任期が終了する６月１８日を待って就任日とする。
ように言われ、結局今回は②の方法をとりました。

この方法では、毎回６月１８日かそれ以降でしか就任ができないことになり（さほどの不都合ではないのかもしれませんが）、定款の趣旨には沿わず、一般の株式会社が定めているように、翌々年の通年度の総会までを任期とする旨に定款を改正しようと思いましたが、今度は県のＮＰＯ担当部署から、「理論上、役員任期が２年を超えることになり（とはいっても最大で数ヶ月ですが）認められない」とのことでした。

不備のある見本に沿って定款を作らせておいてとも思いますが、皆さんがたはいかがしているのでしょうか。
よろしく教えてください。

現状で全く問題ないように思いますが…
理事が理事会選任(A)なのか、総会選任(B)なのかで多少違うかも知れませんが、(A)の場合、万一に理事改選期の総会が任期切れの後に開催になったら事務が煩雑になるし、(B)であればそれに関係ないし。
「翌々年の通年度の総会までを任期とする」といっても、その日は年によって違う可能性が大でしょうし、実際的でないのでは…

申し訳ありません。説明不足のようでした。

当方は、理事選任は総会選出です。また事業年度は３月末までです。

今回の問題は、現状の規定「役員の任期は２年とする」とすると、法務局の登記上、前回の登記日（総会または理事会で就任日を設けた場合はその日）が起算となり、例えば前職の理事が６月１８日に登記した場合２年後の６月１７日までは任期となり、その日以前の通常総会で新たな理事を選出しても、６月１８日までは就任できないということです。
当然、総会はその年ごとに前後します。

法務局では、前職の理事全員の辞任届けを提出すればその日以前の就任は可能ですとのことでした。（あるいは、総会で前職の理事の解任を併せて決議すればよいのかもしれませんが）

今後のために定款の変更を考えたのですが、一般の株式会社が定めている総会から総会までを任期とする規定は（これなら伸長規定も不要になります）、ＮＰＯ法に抵触するとのことで、いったい他の団体はどうされているのかと思った次第です。