くーみんさん
その場合、どういう手続きが発生するのでしょうか?今後、認定NPO法人を申請するにあたっても、このままではまずいと思う思うのですが....
完全な意味での間違いでもないので微妙ですが、二つの問題があります。
所轄庁より前に、一旦総会で承認してもらった計算書類に間違いがあったのですから、原則は総会で再度承認しなおしてもらうことになるのでしょうが、それは大変です。会員の人数が少なければ、説明資料をつけて正しいものを送付し、異議のあるかたは連絡してもらうなどの対応をされたらどうでしょうか。
所轄庁に対しては、あくまでミスプリントのものを出してしまったので、差し替えてほしいとお願いされるのがいいでしょう。