ご質問の状況がよくわかりません。
NPO法人が、ある人から遺言により土地の遺贈を受けました。
相続税法1条の3では、相続税の納税義務者を個人と規定しています。NPO法人には相続税の納税義務はありません。
なくなった遺贈者と、受贈したNPO法人の代表が兄弟だったからといって、NPO法人の代表者個人に相続税がかかることは、通常考えられません。
なぜNPO法人の代表者が、個人で相続税を負担することになったのかの経緯がはっきりしないと、明確にお答えできません。
個人が相続により資産を取得し、その相続により取得した財産を時価よりも安い価格(あるいは無償)にて譲渡(贈与)した場合には、その譲渡(贈与)について、みなし譲渡による所得税が発生します。
固定資産税については、その資産のある場所の市町村長が、その緑地に公益性を認めれば、固定資産税が課税されない場合があります。
ナショナルトラストを行っているNPO法人蔵王のブナと水を守る会が、宮城県白石市に対して固定資産税の減免申請を行い、2001年1月24日に、固定資産税の減免(100%免除)措置を受けています。
以下のホームページを参照してください。
http://www.zao.org/