原田さん
こんにちは。 税理士の柱山と申します。
法人の登記について、法務省のHPにサンプルがあります。
http://www.moj.go.jp/ONLINE/COMMERCE/online_commerce_11-1.htmlこれの辞任のところを見ると辞任届のあて先はNPO法人になってますので、辞任届のあて先を直す必要がありそうですね。
理事長であっても、理事長である前に理事ですから、理事を辞めたい、という辞任届を提出すれば自然と理事長を辞任できます。
なお、辞任届は本人都合の場合に出すものですから、任期満了である場合には出す必要はないでしょう。
ただ、登記の際に議事録も添付しますから、議事録に任期満了に伴う退任、という記載をしておくと良いでしょう。