過去に出された以下の質問への回答がご参考になるかと思います。
/wforum/wforum.cgi?mode=read&no=8128&oya=8128&page=0 法律の専門家ではないので自信は持てませんが、NPO法人では、会議を行わずに書面による意思表示の結果を総会での議決とみなすことはできないのではないかと考えます。
もし自分が質問者さんと同じ立場であれば、やはりきちんと総会を開催しますが、全員から書面を集めることができるのであれば次のような方法を考えると思います。
最低2名の社員が参集できる日時を総会開催日時として招集を通知し、総会を開催します。社員全員の書面が集まるということなので、それらを書面による表決として、出席者の表決と合わせて総会の決議とします。
なお、最低2名の根拠については、千葉県のマニュアルを参考にしています。
議事録署名人の必要人数が定款に示されていると思いますので、それをも超える出席者があるとなお良いと思います。