NPOWEB

4月から法人に勤務しています。現在総会資料の作成中で、疑問が生じています。教えていただけると助かります。
①理事が事務局長を兼任し、毎月定額を支払っていますが、その根拠がわかりません。定款には、「代表理事が事務局長を委嘱し、職員を任免する」とあります。職員は労働契約を締結していますが、事務局長分はありません。職員として雇用し、その上で事務局長に委嘱するのが一般的だと思いますが、NPO法人は違うのでしょうか？　それとも法人の決め方ですか？　
複数事業から月額を決め、合わせ業で給料支給しています。
監査の際に、書類がないのが心配です。

※他の理事に聞いたら、月額を知らなかったという方もいます。
※服務規程対象外ですので、勤務時間はありません。